環氧乙烷滅菌器所使用的滅菌方式，主要應用于對那些不宜用其他方法滅菌的、熱敏感的產品或部件。在制藥行業中常用于無菌生產的部件和用品的滅菌，也用于給藥器械的zui終滅菌，例如：

　　環氧乙烷滅菌用于某些物品的無菌制造工藝，如塑料瓶或管、橡膠塞、塑料塞和蓋。

　　環氧乙烷滅菌用于有zui終包裝的成品。這些產品主要是塑料或橡膠的給藥器械。

　　環氧乙烷滅菌也用于工藝設備，如在制造區內所使用的凍干機。

　　含氯的物品及能吸附環氧乙烷的物品則不宜使用本法滅菌。

　　常見的環氧乙烷滅菌工藝采用真空過程(低于1atm)，一般可采用純環氧乙烷或含百分之八十環氧乙烷的混合氣體(例如：與二氧化碳或氮氣混合)。當采用正壓過程時，采用8％～20％的環氧乙烷與二氧化碳氣體混合使用。產品在充有滅菌氣體的受壓腔室內進行滅菌處理。